Middelgrundsfortet ligger ca. 7 km. fra Københavns centrum og havde til opgave, at hindre bombardement af København, at beskytte Københavns nordlige minespærring i Tragten og Hollænderdyb og at hindre fjendtlige enheder i at trænge ind i Tragten og Hollænderdyb.

Fundamentet er bygget af tømmersænkekasser og betonsænkekasser, der er sikret af kampestensglacis. Hele anlægget dækker et areal på 7 hektar og heraf dækker selve øen 4 hektar (ca. arealet af Kgs. Nytorv). Dækmolen omkranser selve øen med den våde grav og forthavnen                                        

Ud mod forthavnen ligger fredskasernen, der er i to etager og indeholder belægningsstuer, kabys, officersboliger og messer. I den nederste etages forlængelse ind i øen, ligger fortets kasematter, der blandt andet indeholder, ammunitions- magasiner, krigskaserne, hospital, kraftværk, søminestation og kontorer. Krigskasernen, der ligger i centrum af kasematterne, er beskyttet i vandret retning af 30 meter jord og i lodret retning af 13 meter jord. Skytset var opstillet i batterier på åbne betonfundamenter, der var anbragt i cirkelform omkring en centertravers. Alle batterierne var forbundet med en delvis overdækket ammunitionsgang, der stod i forbindelse med de underliggende ammunitionsmagasiner ved I 1894 blev skytset monteret og 27. april 1895 blev flaget hejst af Kystartilleriet. Bestykningen i 1895 bestod af: 5 stk. 30.5 cm. stålkanoner 12 stk. 17.0 cm. stålkanoner 6 stk. 120 mm hurtigskydende stålkanoner 7 stk. 37 mm hurtigskydende stålkanoner 8 stk. 8 mm dobbeltløbet mitrailleuse i feltlavet. Under Første Verdenskrig blev fortet yderligere armeret med: 3 stk. 75 mm hurtigskydende stålkanoner, 1 stk. 75 mm hurtigskydende stålkanon i luftaffutage og 1 stk. 47 mm hurtigskydene stålkanon i luftaffutage.

Under Første Verdenskrig, var fortet bemandet med 733 mand. I 1932 overtog marinen Middelgrundsfortet og det blev moderniseret, men besætningen blev skåret ned til 260 mand. Da tyskerne i april/maj 1940 overtog flere af kystforterne, forblev Middelgrundsfortet dog i dansk besiddelse til 29. august 1943.

Forholdene på Middelgrundsfortet var dog ret aparte, idet en tysk styrke var indlogeret i den østlige del af fortet, mens resten var belagt med danske orlogsgaster. Fra flagmasten vajede orlogsflaget og under det gik danskere og tyskere hver sin vagt, næsten side om side.

Da krigen sluttede i 1945 overtog den danske marine igen fortet og det gamle materiel blev udskiftet. Efter kommandostrygningen i 1962 blev alt skyts og ildledermateriel fjernet og den 1. april 1965 overtog Flyvevåbnet fortet for at benytte den som station for Raketeskadrille 541.

En større ombygning startede og endelig i oktober 1968 kunne Eskadrille 541 (ESK 541) flytte fra Flakfortet, hvor de havde været midlertidig opstillet, til Middelgrundsfortet hvor eskadrillen blev til 30. marts 1984, for derefter at blive flyttet til Stevnsfort. Der har altid været noget maritimt over ESK 541.

ESK 541 ude på Middelgrundsfort kunne siges at være sårbar. Dens mobilitet var selvsagt betinget af en indledende bådtransport af hvert enkelt stykke udstyr, hvorefter man så kunne køre videre ved egen hjælp. Luftværnsgruppen (LVG)/ESK 541 havde tre både kaldet LVG1, LVG2 og LVG3. Disse både transporterede personel og materiel fra Isbjørnen på Langelinie og Holmen til stillingen på Middelgrundsfortet hver dag og visa versa. Den 12. august 1981 blev der indgået et politisk forsvarsforlig, der fastlagde rammerne for fremtiden. Dette betød, at ESK 541 fredstidsplacering på Middelgrundsfortet var ved at nå til en ende.

Den 30. marts 1984 var det slut. Man forlod det gamle fort med dets stemning og atmosfære for at begynde en ny epoke placeret på Stevnsfort ikke langt fra Eskadrille 543 i Højerup.