HAFD Afdeling Øst  blev oprettet på Flyvestation Skalstrup i august 1988, hvor den var en kort tid, da den 1. januar 1989 blev flyttet til NIKE ESK 534`s  tidligere afskydningsområde i Tune. I 2001 blev Luftværnsgruppen og Kontrol og Varslingsgruppen sammenlagt til “Kontrol og Luftforsvarsgruppen” (KLG), og det betød at HAFD-Ø blev sammensmeltet med KVG enheden ESK 500, i Vedbæk, som samlet blev “Kontrol og Luftforsvarscenter Øst” (KLC-Ø)

Afdelingen var føringsenhed for de fire “gamle” eskadriller og HAWK Værksted ØST, og fik til opgave  at oprette en HAWK reaktionsstyrke, og blev gjort med ESK 543 som stamenhed med bidrag fra primært de øvrige sjællandske eskadriller. Fra begyndelsen af 90erne og frem til lukning af HAWK systemet var afdelingen derfor blevet føringsenhed for en international mobil enhed, der kunne operere over hele Europa. Øvelsesmæssigt var HAFD Øst med sin reaktionsstyrke indsat i England, Norge, Tyskland, Frankrig, Grækenland og Polen.

Den 11. januar 2005 blev det jordbaserede luftforsvar nedlagt ved en parade på Flyvestation Skalstrup. Nedlæggelsen blev foretaget af CH FTK GM Leif Simonsen. For at forestå og gennemføre afviklingen af det tilbageværende materiel blev der oprettet 2 Projekteskadriller i øst og vest. Disse ESK skulle færdiggøre arbejdet i løbet af 2005, hvorefter de blev nedlagt ved årets udgang.