Kort efter Flyvevåbnets oprettelse den 1. oktober 1950 begyndte en intensiv planlægning af det fremtidige permanente kontrol- og varslingssystem. En af stationerne i dette system skulle placeres i Skrydstrup. Ved Flyverkommandobefaling nr. 86 af den 31. oktober 1951 stilledes en række officerer ved siden af havende tjeneste til rådighed for Flyverkommandoen for at bistå med planlægningen og opbygningen af Ground Controlled Interception (GCI) stationer. Til den planlagte station i Skrydstrup udpegedes kaptajnløjtnant (R), F. Christensen, tjenstgørende ved Flyvestation København. I begyndelsen af september 1951 blev den anden AMES-station, som var placeret i Karup, godkendt til operativt brug. På Værløse stod stadig den ”hjemmelavede” Gamle ASTA, og Flyverkommandoen besluttede derfor at flytte den til Hørløkke ved Skrydstrup. Tirsdag den 15. april 1952 kørtes ASTA-udstyret til dets nye placering i Sønderjylland. Materiellet skulle undervejs passere gennem Vojens by, da der dengang ikke fandtes nogen ringvej. Denne operation gik ikke helt gnidningsfrit, idet udstyret formåede at ødelægge en del af gadebelysningen i Østergade mellem Vojens Kirke og Banegården; men kl. 2230 ankom det til Hørløkke, hvor det blev opstillet ved Flyvestation Skrydstrups nuværende senderbunker.
Den officielle oprettelse af GCI-station Skrydstrup fremgår af Flyverkommando-befaling A6 den 18. april 1952, hvor kaptajn F. Christensen pr. 16. april 1952 beordres til tjeneste som leder af stationen.
Den 1. februar 1962 blev FLD623 et mobilt AMES-system oprettet under FLD602 ansvarsområde. Det drejede sig om den gamle AMES 13 og AMES 14 fra Karup, som Flyvematerielkommandoen havde gjort mobil ved at indbygge den i 10 store vogne.  FLD623 fik en kort levetid, idet den blev sendt til ophugning i Værløse juni 1964.
I maj 1964 blev den sidste TPS—10D højdefinder udskiftet med en FPS-6, denne gang en FPS-6B, som på grund af mekaniske vanskeligheder snart blev modificeret til en FPS-90.
I løbet af 1964 var det blevet besluttet at udskifte eller snarere supplere FPS—8 radaren med yderligere materiel, så den ville fremstå som en slags “dobbelt FPS-8” benævnt FPS—88.
En vigtig del af denne ombygning var montering af en ny antenne med et areal, som var 3—4 gange så stort som FPS—8 radarens. Dette nødvendiggjorde bygningen af et nyt stort radartårn, og dette arbejde påbegyndtes i slutningen af 1964.
Den 29. januar 1965 udbrændte operationsbunkeren totalt og enheden opererede under primitive forhold fra telte og skurvogne i Bæk Skov indtil maj 1966, hvor bunkeren atter var klar. De store mængder af nyt udstyr, der i fremtiden skulle installeres i bunkeren, nødvendiggjorde tillige, at der blev bygget en opholds- og administrationsbygning ovenpå, og dette arbejde blev påbegyndt i januar 1975.Den 23. august 1965 ankom den nye "FPS-88" radar på 5 jernbanevogne, det nye radar tårn skulle forsynes med radome , der bestod af glasfibertrekanter og var et stort arbejde at samle, det tog ca. 40 timer. I efteråret 1969 begyndte de første NADGE kurser i Tyskland og da operationsrummet skulle ombygges til NADGE blev DANSEMIK pakket ned og sendt til Multebjerg. NADGE var fuldt udbygget i november 1971 og det betød en ny radar AN/FPS-110 til erstatning af den teknisk forældede FPS-88, der stoppede driften 10. januar 1977. Stationen blev udvalgt til at være NATO Test Site i Airborne Early Warning System, det skulle vise sig at blive en meget vanskelig periode med lukning af stationen og problemer med at få de forskellige systemer i Airborne Early Warning flyet og NADGE til at arbejde sammen. Men som altid blev opgaven løst og den 8. november 1983 meldte stationen sig klar som NATOs første " NATO Airborne Early Warning Ground Enviroment Integration Segment" station. (NAEGIS).  I perioden 1. november 1999 – 1. februar 2000 blev NADGE UPDATE udstyr installeret ved eskadrillen
I efteråret 1969 begyndte de første NADGE-kurser i Tyskland og da operationsrummet skulle ombygges til NADGE blev DANSEMIK pakket ned og sendt til Multebjerg. NADGE var fuldt udbygget i november 1971 og det betød en ny radar AN/FPS-110 til erstatning af den teknisk forældede FPS-88, der stoppede driften 10. januar 1977. Stationen blev udvalgt til at være NATO Test Site i Airborne Early Warning System, det skulle vise sig at blive en meget vanskelig periode med Forsvarsaftalen af 25. maj 1999 , der indførte en to-centerstruktur i K&V-systemet. Dette indebar, at ESK602 – i lighed ved søsterstationen i Skagen – skulle ændre status til Radarhoved. Den 1. juli 2003 blev Radarhoved Skrydstrup oprettet, og det operative personel overførtes til Kontrol- og Luftforsvarscenter Vest i Karup. Tilbage i Skrydstrup var nu udelukkende teknisk og administrativt personel. Med Forsvarsaftalen af 10. juni 2004 gik radarhovedet en lysere fremtid i møde. Det besluttedes nemlig, at enheden skulle udstyres med en mobil radar, hvilket på sigt atter vil forøge bemandingen. Medio april 2005 meddelte Flyvematerielkommandoen (FMK), at den havde bestilt den nye radar (AN/TPS 77) ved firmaet Lockheed Martin i USA. Leveringen fandt sted ultimo 53 2006, men indledningsvis blev udstyret opstillet på Flyvestation Karup til uddannelse af personellet. Materiellet blev ultimo august 2007 overflyttet til Skrydstrup og baseret på flyvestationens område, indtil endelig garnisonering er besluttet. Radarhoved Skrydstrup egentlige produktion er at genere radarbillede til CRCKAR. Lukning af stationen og problemer med at få de forskellige systemer i Airborne Early Warning flyet og NADGE til at arbejde sammen. 
Men som altid blev opgaven løst og den 8. november 1983 meldte stationen sig klar som NATOs første " NATO Airborne Early Warning Ground Enviroment Integration Segment" station. (NAEGIS).  I perioden 1. november 1999 – 1. februar 2000 blev NADGE UPDATE udstyr installeret ved eskadrillen.
Forsvarsaftalen af 25. maj 1999 indførte en to-centerstruktur i K&V-systemet. Dette indebar, at ESK602 – i lighed ved søsterstationen i Skagen – skulle ændre status til Radarhoved. Den 1. juli 2003 blev Radarhoved Skrydstrup oprettet, og det operative personel overførtes til Kontrol- og Luftforsvarscenter Vest i Karup. Tilbage i Skrydstrup var nu udelukkende teknisk og administrativt personel. Med Forsvarsaftalen af 10. juni 2004 gik radarhovedet en lysere fremtid i møde. Det besluttedes nemlig, at enheden skulle udstyres med en mobil radar, hvilket på sigt atter vil forøge bemandingen. Medio april 2005 meddelte Flyvematerielkommandoen (FMK), at den havde bestilt den nye radar (AN/TPS 77) ved firmaet Lockheed Martin i USA. Leveringen fandt sted ultimo 53 2006, men indledningsvis blev udstyret opstillet på Flyvestation Karup til uddannelse af personellet. Materiellet blev ultimo august 2007 overflyttet til Skrydstrup og baseret på flyvestationens område, indtil endelig garnisonering er besluttet. Radarhoved Skrydstrup egentlige produktion er at genere radarbillede til CRCKAR.